Top Troops transporte les joueurs dans le Royaume coloré de la Baie du Roi, où deux frères en querelle mènent leurs escouades dans des batailles colossales du bien contre le mal. Les joueurs ont pour défi de batailler et fusionner jusqu’à la victoire, à travers d’infinies combinaisons de stratégies permettant de créer de puissantes armées composées d’escouades. Chaque type d’unité, des Taupes Ninjas aux Elfes Impériaux, peut être augmenté de niveau et combiné de façon stratégique afin de créer la parfaite armée pour n’importe quel défi. Chaque décision prise par les joueurs sera déterminante pour le destin de leurs conquêtes.